En 1833 México se enfrentó a la primera gran pandemia de dimensiones desastrosas: el cólera morbus, del cual desde 1829 salió del control en la India y por la actividad comercial arribó a Europa, después a los Estados Unidos e inevitable era su llegada a México.
Ante dicha contingencia, el cabildo poblano tuvo que buscar un sitio donde enterrar a las víctimas de la enfermedad, ya que, por la prensa, sabían de su alta mortalidad y contagio en los lugares donde llegó.
Escogieron unas huertas propiedad del Colegio del Estado y ubicadas frente al templo del barrio de San Sebastián, al sur poniente de la traza, junto al antiguo templo de San Javier y frente al Paseo Bravo, ahí fueron enterrados los más de 3,000 poblanos que sucumbieron ante el cólera, a excepción del gobernador del Estado, Patricio Furlong, y el deán de la Catedral poblana, quienes fueron sepultados en el templo de San Javier.
Pasó la pandemia y los poblanos siguieron enterrando en los templos, el cementerio de San Javier fue destinado para a inhumación de los feligreses de la parroquia de San Marcos, quienes en su mayoría eran pobres.
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